《方案》提出，要根據京津冀協同發展的總體要求，以中關村國家自主創新示范區為主要載體，以構建科技創新為核心的全面創新體系為強大支撐，充分發揮中央在京單位作用，充分激發人的創新活力動力，增強原始創新能力，推動科技和經濟結合，構建區域協同創新共同體，加強科技創新合作，深化體制機制改革，塑造更多依靠創新驅動、更多發揮先發優勢的引領型發展，持續創造新的經濟增長點，在創新驅動發展戰略實施和京津冀協同發展中發揮引領示范和核心支撐作用，為建設世界科技強國和實現“兩個一百年”奮斗目標提供強大動力。
《方案》明確，北京全國科技創新中心的定位是全球科技創新引領者、高端經濟增長極、創新人才首選地、文化創新先行區和生態建設示范城。發展目標是：到2017年，科技創新動力、活力和能力明顯增強，全國科技創新中心建設初具規模；到2020年，全國科技創新中心的核心功能進一步強化，科技創新能力引領全國；到2030年，全國科技創新中心的核心功能更加優化，為我國躋身創新型國家前列提供有力支撐。
《方案》提出了加強北京全國科技創新中心建設的重點任務。一是強化原始創新，打造世界知名科學中心。統籌推進中關村科學城、懷柔科學城、未來科技城建設，超前部署基礎前沿研究，加強基礎研究人才隊伍培養，建設世界一流高等學校和科研院所。二是加快技術創新，構建“高精尖”經濟結構。實施技術創新跨越工程，夯實重點產業技術創新能力，促進創新成果全民共享。三是推進協同創新，培育世界級創新型城市群。優化首都科技創新布局，構建京津冀協同創新共同體，引領服務全國創新發展。四是堅持開放創新，構筑開放創新高地。集聚全球高端創新資源，提升開放創新水平，使北京成為全球科技創新的引領者和創新網絡的重要節點。五是推進全面創新改革，優化創新創業環境。推進人才發展體制機制改革，完善創新創業服務體系，加快國家科技金融中心建設，健全技術創新市場導向機制，推動政府創新治理現代化，加快央地協同改革創新，持續引領大眾創業、萬眾創新浪潮。
《方案》強調，要強化組織領導，加強資金保障，完善監督評估機制，明確時間表和路線圖，推動各項任務落到實處。
